山东中医药大学药学院始建于1976年，始称中药系，1996年更名为中药学院，2004年更名为药学院。
学院下设中药资源学、中药药剂学、中药炮制学、中药化学等14个教研室，现有教职工88人，教授24人、副教授28人，具博士学位者62人。专兼职博士生导师29人、硕士生导师115人。泰山学者科研创新团队2个。入选全国中医药高等学校教学名师、山东省级教学名师、山东省突贡中青年专家等省部级人才计划16人次。获首批全国高校黄大年式教学团队、山东省十大科技创新团队等荣誉称号。近五年主持国家重点研发计划、国家自然科学基金等国家级项目36项，完成省部级项目64项、横向课题29项，科研经费达1.1亿元，获国家科技进步二等奖2项、山东省科技进步一等奖3项，山东省省级教学成果奖3项。建有国家重大新药创制平台（山东）中药单元平台、国家中医药管理局中药质量控制三级重点实验室、山东省中医药抗病毒协同创新中心等省级及以上教学科研平台15个，在全国中医药院校中处于 地位。
1998年获一级学科中药学博士学位授予权，成为全国较早、全省唯一的博士学位授权点。现设有中药学博士后流动站。1981年和2006年分别设立一级学科中药学、药学硕士学位授权点，2010年获中药学、药学硕士专业学位授予权。中药学学科2016年入选山东省一流学科建设。设有中药学、中草药栽培与鉴定、中药资源与开发、药学、制药工程、药物制剂6个本科专业。2019年，中药学专业入选国家一流本科专业，中药学、制药工程、中草药栽培与鉴定、药学入选山东省一流本科专业。在各层次人才培养过程中，根植齐鲁文化，“以文化人，以德立身，以术彰业”，追求卓越。依托教育部“三全育人”改革试点和山东省“专业对接产业”中药学专业群建设等项目，创新人才培养体系。近5年，培养博士52人、硕士471人、本科生4615人，在校生获国家级奖励7项、省部级奖励10项，毕业生考研率40%以上，就业率90%以上。2018年“草芝源”创新创业团队从14万项参赛项目中脱颖而出，荣获第四届中国“互联网+”大学生创新创业大赛金奖，这是全国中医药院校自大赛举办以来首次获得金奖。